{"id":2264,"date":"2022-11-12T08:26:23","date_gmt":"2022-11-12T07:26:23","guid":{"rendered":"https:\/\/darse.fr\/v2\/?page_id=2264"},"modified":"2022-11-12T08:26:23","modified_gmt":"2022-11-12T07:26:23","slug":"methode-dobservation-du-plancton","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/darse.fr\/v2\/?page_id=2264","title":{"rendered":"Methode d’observation du plancton"},"content":{"rendered":"\n

M\u00e9thodes d’observation<\/h2>\n\n\n\n
METHODES D\u2019OBSERVATION<\/td><\/tr>
Pour comprendre comment vivent les individus<\/strong> d\u2019une esp\u00e8ce, il faut analyser de quelle mani\u00e8re ils se<\/strong> nourrissent, se reproduisent, se d\u00e9placent.<\/strong>..
Des cam\u00e9ras vid\u00e9o <\/strong>tenues par des plongeurs ou embarqu\u00e9es \u00e0 bord d’engins sous-marins, permettent d\u2019identifier, de d\u00e9nombrer et observer les animaux planctoniques, in situ<\/em><\/strong>.<\/em> Les techniques<\/strong> d’\u00e9levage<\/strong> au laboratoire tendent \u00e0 reproduire les conditions du milieu dans le but d’\u00e9tudier le d\u00e9veloppement de communaut\u00e9s planctoniques<\/strong>. Des loupes et microscopes<\/strong> coupl\u00e9s \u00e0 des cam\u00e9ras, r\u00e9v\u00e8lent les organes de ces animaux, la structure fine de leurs cellules et organes et leurs fonctionnements. Enfin les techniques mol\u00e9culaires, biochimiques et physiologiques<\/strong> permettent d’identifier les organismes constituant une population<\/strong> et leurs param\u00e8tres m\u00e9taboliques<\/strong>.<\/td><\/tr><\/tbody><\/table><\/figure>\n\n\n\n
\"Techniques\"Cultures\"Microscopes\"Microscopes\"TechniquesObservation
in situ<\/em>Cultures
ch\u00e9mostats, ZooscanMicroscopes
optiquesMicroscopes \u00e9lectroniquesTechniques mol\u00e9culaires<\/td><\/tr><\/tbody><\/table><\/figure>\n\n\n\n

\"\"\"observation  Bou\u00e9e  <\/a>Des bou\u00e9es de surface<\/strong> permettent de suivre l\u2019\u00e9volution des caract\u00e8res physico-chimiques<\/strong> en un site sur de longues p\u00e9riodes. Les informations sont transmises par satellites<\/strong> ou vers des navires oc\u00e9anographiques<\/strong>. Leur mise en oeuvre est essentielle pour l’\u00e9tude de l’\u00e9volution des climats et des populations oc\u00e9aniques<\/strong>. De tels engins sont mis au point \u00e0 l\u2019Observatoire Oc\u00e9anologique de Villefranche-sur-mer.
 Profileur vid\u00e9o-marin \"Profileur<\/a> PVM : Profileur Vid\u00e9o Marin <\/strong>d\u00e9velopp\u00e9 \u00e0 l’Observatoire Oc\u00e9anologique par Gaby Gorsky et son \u00e9quipe
Il s’agit d’un instrument d’observation qui enregistre tout ce que l’oeil d’une cam\u00e9ra peut voir \u00e0 quelques m\u00e8tres dans le faisceau d’un projecteur. Le d\u00e9pouillement des s\u00e9quences permet de pr\u00e9ciser la diversit\u00e9 et le comportement naturel d’esp\u00e8ces bien connues au laboratoire, mais aussi d’en d\u00e9couvrir d’autres jamais collect\u00e9es dans les filets. www.obs-vlfr.fr\/~pvm\/<\/a> \"\" Cultures\/Chemostats  \"\" Un ch\u00e9mostat<\/strong> est un appareil qui permet d’\u00e9tudier les relations existant entre esp\u00e8ces planctoniques<\/strong>. Diff\u00e9rentes esp\u00e8ces sont transf\u00e9r\u00e9es au laboratoire et maintenues dans des conditions physico-chimiques \u00e9troitement contr\u00f4l\u00e9es dans le chemostat. On reproduit ainsi un \u00e9cosyst\u00e8me exp\u00e9rimental<\/strong> simplifi\u00e9<\/strong> qui repr\u00e9sente un \u00ab mod\u00e8le \u00bb simple d\u2019une communaut\u00e9 planctonique<\/strong>. Le comptage et l’identification des individus, l\u2019analyse automatique des facteurs physiques (densit\u00e9 optique, temp\u00e9rature…) et chimiques (salinit\u00e9, oxyg\u00e8ne dissous, teneur en sels min\u00e9raux, nature des chlorophylles et autres pigments…) constituent des donn\u00e9es exp\u00e9rimentales indispensables pour comprendre l\u2019\u00e9volution des \u00e9cosyst\u00e8mes planctoniques marins<\/strong>. L\u2019analyse de ces donn\u00e9es permet de mettre au point des mod\u00e8les math\u00e9matiques<\/strong> dont l\u2019application fournit une approche pr\u00e9dictive de l\u2019\u00e9volution in situ<\/em> du plancton dans des conditions d\u00e9finies et permet la mod\u00e9lisation d’un \u00e9cosyst\u00e8me.


<\/strong> \"\"\"microscopes 
\"\"Microscopes st\u00e9r\u00e9oscopiques (Loupes binoculaires)  <\/a>Pr\u00e9l\u00e8vement    
\u00e0 la loupe Les microscopes st\u00e9r\u00e9oscopiques<\/strong> ou loupes<\/strong> permettent d\u2019observer \u00e0 faibles grossissements <\/strong>(50 \u00e0 500 fois<\/strong>) avec une profondeur de champ importante<\/strong>. Des organismes de quelques millim\u00e8tres d\u2019\u00e9paisseur peuvent ainsi \u00eatre observ\u00e9s et manipul\u00e9s<\/strong> avec nettet\u00e9 et leurs structures<\/strong>, leurs d\u00e9placements et comportements<\/strong> peuvent \u00eatre suivis sans modifier la mise au point. Par ailleurs, la surface<\/strong> d\u2019objets opaques peut \u00eatre examin\u00e9e en lumi\u00e8re \u00e9piscopique<\/strong>, c \u2019est \u00e0 dire en l\u2019\u00e9clairant par dessus. Depuis quelques ann\u00e9es, cet \u00e9clairage \u00e9piscopique permet l’observation de la fluorescence naturelle ou induite <\/strong>des organismes.\"ObservationGroupe d’oxnerella<\/em> sp.<\/em> x140
Microscopes droits et microscopes invers\u00e9s <\/strong><\/a>
microscope droit       <\/a>
<\/a>microscope invers\u00e9 Les microscopes droits et invers\u00e9s<\/strong> permettent de grossir de 100 \u00e0 2000 fois<\/strong> et de distinguer 2 points distants de quelques microm\u00e8tres (milli\u00e8me de millim\u00e8tre). Pour observer un \u00e9chantillon dans les meilleures conditions, il faut le placer entre une \u00ab lame porte objet<\/strong> \u00bb et une fine \u00ab lamelle couvre objet<\/strong> \u00bb. L\u2019\u00e9chantillon<\/strong> ou objet biologique doit \u00eatre mince et transparent<\/strong> ou d\u00e9bit\u00e9 en fines tranches<\/strong> (coupes) afin d\u2019analyser sa structure. Dans ce dernier cas, il faut le fixer<\/strong> pr\u00e9alablement, c\u2019est \u00e0 dire figer ses structures internes et sa composition physico-chimique, puis l\u2019inclure dans un milieu plastique susceptible de durcir (paraffine, r\u00e9sines…), enfin, le d\u00e9couper en fines tranches \u00e0 l\u2019aide d\u2019un microtome<\/strong>.
L\u2019observation est faite<\/strong> le plus souvent en lumi\u00e8re transmise<\/strong> (par transparence). Dans ce cas, les couleurs sont r\u00e9elles. Des filtres polaro\u00efdes (bir\u00e9fringeants) permettent d\u2019observer en lumi\u00e8re polaris\u00e9e <\/strong>et de localiser dans les cellules des inclusions min\u00e9rales ou l’arrangement pseudocristallin de macromol\u00e9cules organiques. On peut aussi intercaler des filtres, des diaphragmes et prismes sur le trajet de la lumi\u00e8re et observer en contraste de phase, contraste de phase interf\u00e9rentiel ou \u00e9piscopie<\/strong> permettant de visualiser plus nettement ou s\u00e9lectivement les structures des organismes, de leurs organes et des cellules.

Dans un microscope invers\u00e9 <\/strong>la pr\u00e9paration est \u00e9clair\u00e9e par dessus et les objectifs se situent sous l’objet. La distance entre l’\u00e9chantillon et la source lumineuse permet de placer dans le champ des objets, tels que des boites de culture de un \u00e0 deux centim\u00e8tres de haut contenant des organismes qui permettent ainsi de les manipuler plus facilement<\/strong> (perfusion, empalement par micropipette et enregistrement etc..).\"Observation
Oxnerella sp<\/em>.
x350
\"Observation
Oxnerella sp.
<\/em>Grain central
x1620

<\/em>Idem
avec filtre vert
\"\"Microscope droit ( fluorescence) <\/strong>  Le microscope de fluorescence <\/strong>(\u00e9pifluorescence) permet de choisir la longueur d\u2019onde d’illumination dans le spectre visible ou UV et d’exciter ainsi des mol\u00e9cules (dites fluorescentes) qui restituent de la lumi\u00e8re dans une autre longueur d’onde. Cette technique permet d’observer des organismes, organelles ou macromol\u00e9cules <\/strong>naturellement fluorescent <\/strong>(par exemple les chloroplastes), ou des mol\u00e9cules fluorescentes introduites ou induites par manipulations g\u00e9n\u00e9tiques (colorants ou Green Fluorescent Proteins). Les techniques d’ immunofluorescence <\/strong>permettent notamment de r\u00e9v\u00e9ler dans une cellule, la pr\u00e9sence d\u2019une macro mol\u00e9cule (antig\u00e8ne) qui a r\u00e9agi de fa\u00e7on sp\u00e9cifique avec un anticorps<\/strong> (techniques d’immunolocalisation).
Raphidiophrys sp.<\/em>
\"\"Microscope confocal\"cliquer<\/a>  Le microscope confocal<\/strong> permet d’effectuer des coupes optique<\/strong> de quelques microm\u00e8tres \u00e0 travers un \u00e9chantillon fluorescent (un organisme, tissus, embryon ou cellule) \u00e0 l’aide d’un fin faisceau laser. L\u2019image est recompos\u00e9e par ordinateur sur un \u00e9cran. Cet appareil peut \u00eatre compar\u00e9 \u00e0 un scanner m\u00e9dical, et permet de faire de la tomographie<\/strong> non pas sur des animaux entiers mais sur des cellules et des organismes microscopiques dont les mol\u00e9cules sont fluorescentes. Des microscopes confocaux \u00ab\u00a0multiphotons\u00a0\u00bb permettent d’explorer des \u00e9chantillons \u00e9pais sans dommage pour les tissus. \"\"\"microscopes  \"cliquer<\/a>  Le microscope \u00e9lectronique \u00e0 transmission <\/strong>permet des grossissements compris entre 5 000 et 1 000 000 de fois<\/strong> sup\u00e9rieurs \u00e0 ceux des microscopes photoniques et \u00e0 balayage. En raison de leur principe de fonctionnement (bombardement d’\u00e9lectrons dans un vide pouss\u00e9), ces appareils ne permettent pas d’observer d’\u00e9chantillons vivants<\/strong>. Dans le microscope \u00e9lectronique, l\u2019image r\u00e9sulte d’un faisceau d\u2019\u00e9lectrons frappant l\u2019objet et le traversant<\/strong> plus ou moins profond\u00e9ment en fonction de la densit\u00e9 des structures cellulaires. L\u2019image noire et blanc obtenue est form\u00e9e sur le capteur d\u2019une cam\u00e9ra \u00e9lectronique ou sur une plaque photographique.

Le microscope \u00e9lectronique \u00e0 balayage<\/strong> permet de visualiser la surface d’objets <\/strong>deshydrat\u00e9s et recouverts d\u2019une fine couche m\u00e9tallique <\/strong>d\u00e9pos\u00e9e sous vide.  
<\/em>Oxnerella sp.
<\/em>Grain central
x8000
<\/em>Squelette    d’acanthaire
x240
<\/em>\"cliquer\"grille\"<\/a>
<\/a>
 Le microtome<\/strong> est un instrument qui permet de confectionner des coupes minces<\/strong> ou ultraminces d’un \u00e9chantillon.
L’ulta-microtome<\/strong> permet de d\u00e9biter en tranches extr\u00eamement minces <\/strong>(0.5 \u00e0 1 microm\u00e8tre) l’\u00e9chantillon biologique, ce qui permet la p\u00e9n\u00e9tration par le faisceau \u00e9lectronique. Pour d\u00e9biter des tranches si fines il faut d’abord fixer <\/strong>la cellule, l’embryon ou l’organisme par une mol\u00e9cule r\u00e9active (ald\u00e9hyde), puis deshydrater<\/strong> et inclure <\/strong>l’\u00e9chantillon <\/strong>dans un petit r\u00e9cipient (g\u00e9lule) contenant une r\u00e9sine<\/strong> fluide qui durcira par polym\u00e9risation. Le petit bloc contenant l’\u00e9chantillon sera alors d\u00e9bit\u00e9 sur un couteau de diamant \u00e0 l\u2019aide d\u2019un ultra-microtome<\/strong>. Les coupes fines<\/strong> seront recueillies sur des grilles m\u00e9talliques <\/strong>(3 mm de diam\u00e8tre, 100-700 trous) et introduites dans le microscope pour observation. Il est aussi possible de congeler rapidement les \u00e9chantillons<\/strong> et de d\u00e9biter des tranches dans un microtome \u00e0 cong\u00e9lation puis de les observer congel\u00e9es dans un microscope \u00e9quip\u00e9 d’un porte-grille sp\u00e9cial.\"\"\"techniques     Les techniques mol\u00e9culaires <\/strong>sont utilis\u00e9es pour analyser les macromol\u00e9cules et leurs expressions<\/strong> dans les organismes, organes et cellules. Les techniques de prot\u00e9omique<\/strong> sont destin\u00e9es \u00e0 cataloguer les prot\u00e9ines<\/strong>. Les techniques de g\u00e9nomique<\/strong> permettent d’identifier les esp\u00e8ces et leur \u00e9volution<\/strong> gr\u00e2ce \u00e0 l’analyse de leur acide d\u00e9soxyribonucl\u00e9ique (ADN<\/strong>) qui contient, sous forme d’une infinit\u00e9 de combinaisons de quatre bases \u00e9l\u00e9mentaires, le code g\u00e9n\u00e9tique sp\u00e9cifique des esp\u00e8ces et individus<\/strong>. En \u00e9tudiant la structure et l’organisation des g\u00e8nes<\/strong> et en comparant le g\u00e9nome de diff\u00e9rentes populations, il est possible d’identifier la pr\u00e9sence d’une esp\u00e8ce dans un m\u00e9lange d’esp\u00e8ces<\/strong>, de distinguer des populations provenant de biotopes diff\u00e9rents, de retracer l\u2019histoire des migrations etc…  <\/td><\/tr><\/tbody><\/table><\/figure>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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