L'histoire de la rade de Villefranche au cours des siècles reste liée à la politique territoriale et à la stratégie économique de la Maison de Savoie.

En 1388, les comtes de Savoie entrent en possession des « Terres Neuves de Provence » (qui prennent ensuite le nom de Comté de Nice) : une précieuse façade stratégique sur la mer, bien que d'une modeste largeur, pour un territoire essentiellement alpin. Terre de frontière, le Comté eut un rôle important dans la politique européenne du XVI^e siècle, période marquée par la lutte entre le roi de France François 1^er et l'empereur Charles Quint pour l'hégémonie de l'Europe, ainsi que par la suprématie indiscutée de la flotte turque et les incursions des corsaires et pirates maghrébins dans toute la Méditerranée. En 1536, après la perte de son territoire à cheval sur les Alpes, la famille du duc Charles II de Savoie se réfugie à Nice ; c'est là que se tiendra un congrès décidé par le pape Paul III en 1538 pour tenter de rétablir la paix entre le roi de France et l'empereur. Congrès qui n'empêchera pas qu'en 1543 Nice, attaquée par les troupes et la flotte franco-turque de « l'alliance impie », soit l'objet d'un des sièges les plus importants de l'histoire de la Renaissance. La nécessité d'une défense contre les attaques venant de la mer fut une des principales préoccupations de l'empereur Charles Quint qui dépêcha sur les lieux, en 1550, son « Supremo Ingeniero », Gian Maria Olgiati. Emmanuel Philibert de Savoie, grâce à ses succès militaires dans les Flandres, comme commandant en chef des armées impériales, trouva son prestige personnel renforcé. Le traité du Cateau Cambrésis (1559) lui restitua la majeure partie de ses états et rétablit sa souveraineté sur le Comté de Nice. Surtout, il obtint le financement nécessaire pour terminer les travaux de défense côtière démarrés sous la direction d'Andrea Provana di Leinì. Commencée avec la transformation du château féodal de Nice, la chaîne de fortification « alla moderna » est complétée par le fort Saint-Elme à Villefranche (projet de Gian Maria Olgiati et Benedetto Ala, 1550-1560),

le fort de Montalban, sur la hauteur,

et, plus tard, par le fort de Saint Hospice, sur la péninsule du Cap Ferrat. Une petite darse fut construite au pied du fort Saint-Elme pour accueillir les galères achetées par Emmanuel Philibert afin de se défendre des infidèles et se protéger des incursions maritimes.

La petite Darse

A noter, en 1571, la participation des galères du duc à la bataille de Lépante qui vit l'anéantissement de la flotte turque. Les successeurs d'Emmanuel Philibert apportèrent une grande attention à l'entretien du front bastionné sur la mer et au port de Villefranche en engageant les plus grands ingénieurs militaires de l'époque. Dans son "Avertimenti sopra le fortezze di S.R.A. del Capitano Carlo Morello, Primo Ingegniere et logotenente generale di Sua Artigliera", daté de 1656, cet auteur restitue avec une grande vérité l'allure de la rade et des forts de Villefranche que l'on retrouve également splendidement illustrés dans le "Theatrum Statuum Regiae Celsitudinis Sabaudiae Ducis Pedemontii Principis Cypri Regis" (Amsterdam, 1682), manifeste politique européen écrit pour célébrer la dynastie de la Maison de Savoie.